El método científico no es la única vía para adquirir el conocimiento que nos ofrece el mundo real. El buen uso de la razón no es monopolio de la ciencia empírica. Hay otros medios para investigar la realidad, como los que utilizan historiadores, economistas, filósofos, teólogos; entre otros estudiosos de las ciencias humanas. Incluso, el método científico nunca parte de cero, exige admitir algunos fundamentos y categorías previas. Tales son los «Primeros Principios» que constituyen la base de todo razonamiento natural. Así el «Principio de identidad», del «Tercio excluido», o el de «Causalidad», cuyos fundamentos no se asientan en ningún descubrimiento experimental. No son deducibles por el método científico, ni siquiera, como principios del pensamiento, son accesibles por vía empírica.
Así, por ejemplo, sobre la capacidad de la ciencia para demostrar la existencia de un «ser creador» (primera causa del universo), cabe plantear dos situaciones opuestas: que sea un ser inmaterial o bien, que sea material. Si el Creador es inmaterial, no tiene sentido plantear la demostración de su existencia utilizando el método experimental, pues éste sólo es aplicable cuando se investigan seres materiales y la ciencia no dispone de medios para encontrar la respuesta. En el caso opuesto, si el «ser creador» fuese material, entonces, la ciencia experimental debería orientar su actividad en «detectar» las manifestaciones observables de su existencia, ya que el fin de la ciencia empírica es describir hechos naturales.
En realidad para acometer una tarea de investigación científica no es necesaria ningún tipo de creencia o confesionalidad. No tiene sentido argüir que la fe no puede ser fuente de conocimiento científico y tampoco es necesario prescindir de ella. Si acudimos una vez más a la historia de la ciencia, comprobamos que se dan numerosos casos de científicos creyentes que hicieron grandes descubrimientos, no por sus creencias, sino por el valor de sus conocimientos científicos.
Así, al margen de la fe teologal, las leyes mecánicas de Newton o las del electromagnetismo de Maxwell se asientan en entidades materiales previas, cualquiera que sea su causa metafísica. Actúan de modo análogo a los arquitectos e ingenieros cuando realizan cálculos precisos para proyectar un edificio, entonces, no dudan de la validez de las leyes mecánicas establecidas por la teoría y las admiten implícitamente, sin comprobación.
La experiencia común nos permite admitir que lo que suele llamarse «fe humana» juega un papel imprescindible en la ciencia, no en virtud de la autoridad de los científicos, sino por la comprobación experimental de las teorías. La tarea de la ciencia es describir de forma racional y precisa los fenómenos naturales que se observan. Su objetivo se centra en analizar lo que es y expresarlo mediante un lenguaje preciso, sin decir cómo debieran ser las cosas que estudia. Por el contrario, la ética y la religión consideran los acontecimientos y acciones humanas desde la perspectiva del deber ser, por lo que, analizan y juzgan con referencia a leyes éticas. Unas y otras, ciencias empíricas y ciencias del espíritu, tienen sus propios métodos y diferentes ámbitos de investigación.