Newton cursó estudios elementales en la escuela de la localidad de Grantham, donde estudió latín, entonces, lengua común entre los científicos. Lo mimo que hizo Galileo, Newton escribió en latín varias obras y en ese idioma pudo comunicarse con algunos colegas europeos, como Leibniz y Huygens.
El joven Newton llegó a Cambridge el 4 de junio de 1661, al día siguiente se presentó en el Trinity College, siendo admitido tras aprobar el examen preceptivo. En aquel tiempo, los programas de la universidad habían quedado anticuados. Sin embargo, Newton superó ese inconveniente trazando su propio itinerario formativo.
Muchos de sus datos biográficos, sobre estudios y futuros proyectos científicos se han conservado gracias a las anotaciones de sus Diario personal, que él tituló Waste Book («Libro Usado»). Clasificados en varios apartados, contiene cientos de notas que constituyen una valiosa fuente de información para el estudio crítico e histórico y permiten conocer mejor el desarrollo intelectual de su autor. Las primeras lecturas se refieren a temas muy variados, como historia, religión, astrología, o sobre fonética, taquigrafía y lenguaje filosófico. Sobre este tema concibió la idea de crear un lenguaje universal que fuese capaz de reflejar la naturaleza misma de las cosas. El Diario es un testimonio del amplio rango de lecturas que abarcaba desde la filosofía y teología a la física y matemáticas.
En el campo de la Mecánica y de la Astronomía, las anotaciones del Diario comprenden hasta 45 apartados sobre: espacio, tiempo, movimiento, gravedad, propiedades de la luz, colores, sensaciones, magnetismo, etc. Newton, no sólo anotó, sino que también se planteó problemas sobre los que esboza algunas soluciones, que años después resolverá.