Al finalizar los Principia, en el último Escolio del Libro III, Newton hace una insólita reflexión filosófica acerca del origen del Sistema Solar.
«Los seis planetas principales giran en torno al Sol en círculos concéntricos al Sol, con la misma dirección de movimiento y aproximadamente en el mismo plano. Diez lunas giran en torno a la Tierra, Júpiter y Saturno en círculos concéntricos, con la misma dirección de movimiento, en los planos de las órbitas de los planetas muy próximamente. (…). Y todos estos movimientos regulares no tienen un origen debido a causas mecánicas (…). Tan elegante combinación de Sol, planetas y cometas ´solo pudo tener origen en la inteligencia y poder de un ente inteligente y poderoso. Y si las estrellas fijas fueren centros de sistemas semejantes, todos ellos construidos con un esquema similar, estarán sometidos al dominio de Uno«.
I. Newton (2010): 782.
La exclusión de «causas mecánicas» que expliquen el «origen» o génesis del conjunto armónico de movimientos, es decir la auténtica causa, más allá de la física, sugiere a Newton la existencia de una razón superior como origen del universo. Aquí, el filósofo de la naturaleza abandona la razón científica y entra de lleno en el terreno de la religión. El hombre de ciencia cede el paso al creyente expresando su convicción en la existencia de un Ser superior, el Uno, que rige el universo.
Newton acude a la teología de la creación ya que la ciencia no aporta la causa que origina la ley natural que ha formulado. Pero no se aparta de las razones físicas que le han conducido hasta el final. Pues, antes de concluir, vuelve al terreno científico en el penúltimo párrafo de los Principia, donde se pregunta ahora por el origen de la gravedad.
«Hasta aquí he expuesto los fenómenos de los cielos y de nuestro mar por la fuerza de la gravedad, pero todavía no he asignado causa a la gravedad. Efectivamente esta fuerza surge de alguna causa que penetra hasta los centros del Sol y de los planetas sin disminución de la fuerza; y la cual actúa, no según la cantidad de las superficies de las partículas hacia las cuales actúa (como suelen hacer las causas mecánicas) sino según la cantidad de materia sólida; y cuya acción se extiende por todas partes hasta distancias inmensas, decreciendo siempre como el cuadrado de las distancias y cuya acción se extiende por todas partes hasta distancias inmensas, decreciendo siempre como el cuadrado de las distancias (…). Pero no he podido todavía deducir a partir de los fenómenos la razón de estas propiedades de la gravedad y yo no imagino hipótesis«.
I. Newton (2010): 785.